يعتبر قسم طب العيون أحد اهم الاقسام في المرحلة السريرية، وبدأت العملية التعليمية بالقسم في العام الجامعي 2003-2004 بتعاون من اعضاء هيئه التدريس بقسم طب العيون كلية الطب البشري بجامعة طرابلس وايضا أساتذة زوار من دوله مصر الشقيقة ، وتدرس مادة طب العيون في المرحلة الثالثة (السنه الرابعة).